Das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) publiziert 1998 eine Ausschreibung für “Kompetenznetzwerke für die Medizin”.  publiziert. Auf Initiative und unter Federführung von Prof. Dr. Dr. W.H. Oertel, Marburg, stellt eine Gruppe von 17 deutschen Kliniken einen Antrag zur Förderung eines Netzes "Parkinson". Aus 160 Bewerbungen wählt eine internationale Jury neun Projekte aus, die für die nächsten fünf Jahre gefördert werden. Die neurowissenschaftlichen Disziplinen können vier der neun Kompetenznetze einwerben: Depression, Schizophrenie, Schlaganfall und Parkinson.
Der Aufbau des Kompetenznetz Parkinson beginnt noch im Jahr 1999.

In der zweiten Förderperiode (11/2002 - 10/2004) werden die geschaffenen Strukturen für Forschungsprojekte genutzt. Außerdem beginnen die Mitglieder des Netzes Grundlagen zu entwickeln, die ein Überleben über den öffentlichen Förderzeitraum hinaus garantieren sollen. Ein erster Schritt in diese Richtung ist die bereits in der ersten Förderperiode erwirkte Anerkennung des Kompetenznetz Parkinson als gemeinnütziger Verein. In der zweiten Förderperiode wird die German Parkinson Study Group (GPS) gegründet. Die GPS soll Industrie-finanzierte Studien auf nationaler Ebene durchführen und Investigator-initiierte Projekte ermöglichen.

In Marburg wird das Netzwerksekretariat eingerichtet. Die erste Förderperiode (1999 - 2002) wird zur Strukturierung der Organisation und zur Entwicklung einer Infrastruktur genutzt, die eine zentrale Erfassung von Patienten- und Projektdaten erlaubt. Sie ermöglicht auch einen effizienten Austausch von Daten und Informationen zwischen den Experten.

Die Mitglieder entwickeln die Grundlagen für ein Überleben des Parkinson-Netzes über den öffentlichen Förderzeitraum hinaus. Die German Parkinson Study Group erprobt die Durchführung klinischer Studien. Die IT-Koordination beginnt als Central Information Office KNP auch anderen Forschergruppen und Netzwerken den Aufbau von IT-Infrastrukturen anzubieten. Seit dem Ende der dritten Förderperiode im Oktober 2008 finanziert sich das wichtige medizinische Netzwerk durch diese Dienstleistungen völlig eigenständig.